在醫(yī)療機構(gòu)管理方面，1993年9月衛(wèi)生部發(fā)出了《關(guān)于加強醫(yī)療質(zhì)量管理的通知》要求醫(yī)務(wù)人員提高醫(yī)療質(zhì)量意識。1994年2月國務(wù)院發(fā)布《醫(yī)療機構(gòu)管理條例》（國務(wù)院179號令），對醫(yī)療機構(gòu)的規(guī)劃布局和設(shè)置審批、登記、執(zhí)業(yè)、監(jiān)督管理以及相關(guān)法律責(zé)任進行了規(guī)定，將醫(yī)療機構(gòu)執(zhí)業(yè)管理工作納入法制軌道。

    （3）階段特點。這個階段仍是在改革探索中，伴隨著醫(yī)療機構(gòu)市場化的是與非的爭議，各項探索性改革仍在進行?？傮w來看，缺乏整體性，系統(tǒng)性的改革，一些深層次的問題有待下一階段解決。

    4．第四階段：2000~2005年

    （1）社會經(jīng)濟背景。隨著社會主義市場經(jīng)濟的不斷發(fā)展，黨的執(zhí)政綱領(lǐng)和路線與日俱進。2002年中共十六大，提出了全面建設(shè)小康社會的奮斗目標(biāo)，將社會更加和諧，人民生活更加殷實作為小康社會的重要指標(biāo)。2003年中共十六屆三中全會召開，提出科學(xué)發(fā)展觀，即“堅持以人為本，樹立全面、協(xié)調(diào)、可持續(xù)的發(fā)展觀，促進經(jīng)濟社會和人的全面發(fā)展”，按照五個統(tǒng)籌（統(tǒng)籌城鄉(xiāng)發(fā)展、統(tǒng)籌區(qū)域發(fā)展、統(tǒng)籌經(jīng)濟社會發(fā)展、統(tǒng)籌人與自然和諧發(fā)展、統(tǒng)籌國內(nèi)發(fā)展和對外開放）推進各項事業(yè)的改革和發(fā)展。

    隨著市場化的不斷演進，政府衛(wèi)生投入絕對額逐年增多，但是政府投入占總的衛(wèi)生費用的比重卻在下降，政府的投入不足，再加上衛(wèi)生政策失當(dāng)，在2000年之前就有一些地方開始公開拍賣、出售鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院和地方的國有醫(yī)院。此階段存在的社會問題，尤其是看病問題突出。2003年SARS事件又是對衛(wèi)生體系的一次嚴峻的考驗，這一事件直接暴露出了公共衛(wèi)生領(lǐng)域的問題，促使人們反思現(xiàn)行衛(wèi)生政策，客觀上影響和推動了衛(wèi)生體制的改革。

    （2）改革進程。作為貫徹中共中央國務(wù)院《關(guān)于衛(wèi)生改革與發(fā)展的決定》的總體文件，國務(wù)院辦公廳于2000年2月轉(zhuǎn)發(fā)國務(wù)院體改辦、衛(wèi)生部等8部委《關(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的指導(dǎo)意見》。之后陸續(xù)出臺了13個配套政策，包括是：《關(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)療機構(gòu)分類管理的實施意見》、《關(guān)于衛(wèi)生事業(yè)補助政策的意見》、《醫(yī)院藥品收支兩條線管理暫行辦法》、《關(guān)于醫(yī)療機構(gòu)有關(guān)稅收政策的通知》、《關(guān)于改革藥品價格管理的意見》、《關(guān)于改革醫(yī)療服務(wù)價格管理的意見》、《醫(yī)療機構(gòu)藥品集中招標(biāo)采購試點工作若干規(guī)定》、《藥品招標(biāo)代理機構(gòu)資格認定及監(jiān)督管理辦法》、《關(guān)于病人選擇醫(yī)生促進醫(yī)療機構(gòu)內(nèi)部改革的意見》、《關(guān)于開展區(qū)域衛(wèi)生規(guī)劃工作的指導(dǎo)意見》、《關(guān)于發(fā)展城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)的若干意見》、《關(guān)于衛(wèi)生監(jiān)督體制改革的意見》、《關(guān)于深化衛(wèi)生事業(yè)單位人事制度改革的實施意見》。

    在上述配套文件出臺后，國家和地方才有了一些改革舉措。2000年3月，宿遷公開拍賣衛(wèi)生院，拉開了醫(yī)院產(chǎn)權(quán)改革的序幕，共有一百多家公立醫(yī)院被拍賣，實現(xiàn)了政府資本的退出。2001年無錫市政府批轉(zhuǎn)《關(guān)于市屬醫(yī)院實行醫(yī)療服務(wù)資產(chǎn)經(jīng)營委托管理目標(biāo)責(zé)任的意見（試行）的通知》提出了托管制的構(gòu)想；2002年年初《上海市市級衛(wèi)生事業(yè)單位投融資改革方案》出臺，這也是產(chǎn)權(quán)化改革的探索；有關(guān)部門在地方進行“醫(yī)藥分開”的試點，按照“醫(yī)藥分家”的模式將藥房從醫(yī)院中剝離，但未獲得重大進展。

    本階段城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)工作受到重視，2000年12月衛(wèi)生部印發(fā)《城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)機構(gòu)設(shè)置原則》、《城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心設(shè)置指導(dǎo)標(biāo)準(zhǔn)》、《城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)設(shè)置指導(dǎo)標(biāo)準(zhǔn)》。2001年11月衛(wèi)生部印發(fā)《城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)基本工作內(nèi)容（試行）》，同年12月印發(fā)《關(guān)于2005年城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)發(fā)展目標(biāo)的意見》。2006年年初，國務(wù)院又發(fā)布了《關(guān)于發(fā)展城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)的指導(dǎo)意見》，之后又出臺了一系列配套政策，連續(xù)密集出臺的這些文件為社區(qū)衛(wèi)生組織發(fā)展提供了政策支持。

    （3）階段特點。本階段其實是各種趨勢交叉最多的一個時期，隨著改革的不斷深入，市場化在發(fā)揮了很大作用的同時也顯露出了一些弊端，尤其是非典暴發(fā)以后，市場主導(dǎo)和政府主導(dǎo)的爭論也逐漸深入，這為下一個階段的到來埋下了伏筆。三改并舉也在這一階段確立并開始大規(guī)模實施。醫(yī)院產(chǎn)權(quán)改革是本階段最為明晰的脈絡(luò)。從中央文件的印發(fā)到地方政府的嘗試，改革的領(lǐng)域和層次在不斷提高的同時，操作的方法和手段也日益純熟。

    5．第五階段：2005年至今

    （1）社會經(jīng)濟背景。中共十六屆三中全會提出科學(xué)發(fā)展觀，即“堅持以人為本，樹立全面、協(xié)調(diào)、可持續(xù)的發(fā)展觀，促進經(jīng)濟社會和人的全面發(fā)展”，按照五個統(tǒng)籌（統(tǒng)籌城鄉(xiāng)發(fā)展、統(tǒng)籌區(qū)域發(fā)展、統(tǒng)籌經(jīng)濟社會發(fā)展、統(tǒng)籌人與自然和諧發(fā)展、統(tǒng)籌國內(nèi)發(fā)展和對外開放）推進各項事業(yè)的改革和發(fā)展?！翱床‰y，看病貴”的問題雖然早就存在，但是這一階段在科學(xué)發(fā)展觀和小康社會的背景下表現(xiàn)得尤為突出。