隨著市場化和產(chǎn)權改革的不斷深入，公立醫(yī)療機構的公益性質逐漸淡化，追求經(jīng)濟利益導向在衛(wèi)生醫(yī)療領域蔓延開來。醫(yī)療體制改革迫切需要注入新的理念和活力。衛(wèi)生部內部關于市場化的爭論一直都存在，但是從2005年我們開始深入反思的同時，這種爭論開始公開化。其中標志性事件是7月28日《中國青年報》刊出的由國務院發(fā)展研究中心負責的最新醫(yī)改研究報告，通過對歷年醫(yī)改的總結反思，報告認為：目前中國的醫(yī)療衛(wèi)生體制改革基本上是不成功的。這種結論主要建立在市場主導和政府主導爭論基礎之上，而正是因為這份報告讓2005年成為新一輪醫(yī)療體制改革的起點。

    （2）改革進程。2005年，產(chǎn)權改革依然如火如荼地進行著，2月國資管理公司開始托管民營醫(yī)院改革新模式在上海產(chǎn)生，但是產(chǎn)權改革并不是本階段的主要內容。

    2005年1月，在全國衛(wèi)生工作會議上吳儀做出批示：解決群眾看病難，看病貴的問題需要標本兼治，綜合治理?！?月，國務院總理溫家寶也在十屆全國人大三次會議上提出了要切實解決群眾看病難，看病貴的問題。隨著這一問題的逐漸凸現(xiàn)，衛(wèi)生部開始嘗試制定《關于深化城市醫(yī)療體制改革試點指導意見》，其中關注較多的是2005年的“3月28日稿”和“7月13日稿”，雖然這兩稿都沒有對外公布，只是在內部征求意見，但是參與意見征求的專家普遍認為，后者明確規(guī)定了衛(wèi)生事業(yè)的性質，即更加強調公立醫(yī)療機構的公益性質。

    除了對公益性質的關注，本階段還注重醫(yī)療機構服務質量的管理。2005年被確定為醫(yī)院管理年，此活動對于促進醫(yī)院端正辦院方向，牢記服務宗旨，樹立“以病人為中心”的理念，規(guī)范醫(yī)療行為，改善服務態(tài)度，提高醫(yī)療質量，降低醫(yī)療費用，發(fā)揮了重要作用。11月衛(wèi)生部發(fā)布了《醫(yī)院管理評價指南》，細化了醫(yī)院的評價指標。2006年，衛(wèi)生部和國家中醫(yī)藥管理局決定要在全國繼續(xù)深入開展“以病人為中心，以提高醫(yī)療服務質量為主題”的醫(yī)院管理年活動。2007年4月衛(wèi)生部等七部委下發(fā)《關于開展創(chuàng)建“平安醫(yī)院”活動的意見》，《意見》為扎實推進醫(yī)療機構治安綜合治理工作，切實解決醫(yī)療機構執(zhí)業(yè)環(huán)境面臨的突出問題作出了貢獻。

    2005年9月，聯(lián)合國開發(fā)計劃署駐華代表處發(fā)布《2005年人類發(fā)展報告》，指出中國醫(yī)療體制并沒有幫助到最應得到幫助的群體，特別是農(nóng)民，所以結論是醫(yī)改并不成功。這一結論印證了國務院發(fā)展研究中心課題組的研究結果。

    2006年9月，成立了由11個有關部委組成的醫(yī)改協(xié)調小組，國家發(fā)改委主任和衛(wèi)生部部長共同出任組長，新一輪的醫(yī)改正式啟動。　2007年年初，醫(yī)改協(xié)調小組委托6家機構進行獨立、平行研究，為決策提供參考，后來增加到9家機構。5月底，國家發(fā)改委等部門組織召開中國醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革國際研討會對醫(yī)改方案進行評審。此后，正式的醫(yī)改方案一直都在醞釀之中，10月份開始征求專家意見，但是沒有公布。中共十七大報告首次完整提出中國特色衛(wèi)生醫(yī)療體制的制度框架包括公共衛(wèi)生服務體系，醫(yī)療服務體系，醫(yī)療保障體系，藥品供應保障體系四個重要組成部分，這是在新時期對衛(wèi)生醫(yī)療體系構成的全面概括。

    （3）階段特點。本階段主要是從反思爭論中不斷地總結經(jīng)驗和教訓的同時讓醫(yī)改又上了新的臺階，尤其是2006年醫(yī)改協(xié)調小組成立以后，各方積極分析準備，醫(yī)改的具體方案也在一次次協(xié)調和調研中得到了細化。雖然在整個過程中也充滿了利益的協(xié)調問題，但是隨著中共十七大報告的出臺，我們也有信心期待醫(yī)改方案的最終出臺。

    除了主流的改革之外，改革開放后在對醫(yī)務人員的管理方面也進行了一些相應的改革。這方面的政策主要有：《護士管理辦法》（1993）、《醫(yī)師資格考試暫行辦法》（1997）、《中華人民共和國執(zhí)業(yè)醫(yī)師法》（1998）、《傳統(tǒng)醫(yī)學師承和確有專長人員醫(yī)師資格考核考試暫行辦法》（1997）、《醫(yī)師執(zhí)業(yè)注冊暫行辦法》（1999）、《醫(yī)療事故處理條例》（2002）等。