而在招標結果一直差強人意的同時，各地政府也一直加緊對招標模式的探索。繼2005年四川的掛網(wǎng)模式之后，云南的宣威模式、上海的閩行模式、南京醫(yī)院托管模式、蘇州模式、浙江模式、寧夏三統(tǒng)一模式、廣州掛網(wǎng)采購模式等紛紛出爐，各種試點層出不窮。但多年的實踐表明，新模式在有效改善某些矛盾的同時，固有的利益糾葛以及隨之引發(fā)的爭議仍然不可避免地存在，并不能從根本上解決問題，過渡性政策的弊端顯現(xiàn)得越來越明顯，主要表現(xiàn)在招標執(zhí)行中對招標政策的異化和出現(xiàn)的怪現(xiàn)象。

　　有專家認為：導致藥品集中招標采購的政策執(zhí)行陷入困境的原因很多，究其主要原因是由于中國政府推行的藥品集中招標采購是政府與市場主體之間的利益博弈，而在博弈過程中政府未能合理均衡市場主體之間、市場主體和患者之間的利益，結果使藥品集中招標采購既損害了市場主體的既得利益，又未能達成預定的政策目標。

　　這也是時至今日藥品招標采購存廢爭論之聲依舊一片嘩然的原因。但相關部門早已表態(tài)：“藥品集中招標采購是一項好的制度設計”，而來自于公共政策領域方面的專家則呼吁：“取消當前的藥品集中招標采購制度只能使醫(yī)藥流通改革退回到起點，進一步完善藥品集中招標采購制度，加快醫(yī)療機構和醫(yī)療保險制度改革方是上策。買方主導的藥品集中采購制度不符合我國國情，藥品集中招標制度的發(fā)展方向是第三方電子交易系統(tǒng)?！?/p>

　　而最新出爐的《關于深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的意見（征求意見稿）》中提出了“建設規(guī)范化、集約化的藥品供應保障體系”的政策框架，但在具體政策措施中卻只講“規(guī)范”，并不見“集約”，已經(jīng)延續(xù)多年的藥品集中招標采購政策沒有納入《征求意見稿》。這不禁又引發(fā)了有關學者新的擔心：“如果由于藥品招標政策異化帶來的負面影響而放棄集中采購，醫(yī)藥分開將失去具有中國特色的實現(xiàn)方式，藥品供應保障體系的建立和藥品價格形成將失去可操作性，建立規(guī)范的公立醫(yī)院運行機制將無從談起。”